作者:袁越
2020-04-15·阅读时长4分钟
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来自英国剑桥大学和德国明斯特大学的科学家在2020年4月8日出版的《美国国家科学院院报》(PNAS)上发表了一篇论文,鉴别出了新冠疫情暴发早期出现的3个主要亚型。其中A型最为古老,但在武汉传播较少,其变种主要流行于美国和澳大利亚;在武汉流行最广的则是从A型进化来的B型,原始B型仅限于东亚地区,其余地区也有零星B型出现,但都是原始B型的变种;欧美地区主要流行的是源于B型的C型,此型在中国大陆尚未发现病例,但却存在于中国香港、新加坡和韩国等东亚地区的样本中。
这篇论文的通讯作者是考古学界的泰斗级人物,剑桥大学迪斯尼讲席教授科林·伦福儒(Colin Renfrew)博士,他因在考古学领域做出了很多突出贡献而被授予勋爵(Lord)的封号。其他几位作者都是分子人类学领域的专家,该领域试图用DNA序列来研究人类的进化轨迹,所取得的成果有目共睹。
这一研究领域开始于上世纪80年代的线粒体DNA测序列分析,来自美国加州大学伯克利分校的科学家们用这个方法画出了第一棵人类进化树,其根部就是大家耳熟能详的“线粒体夏娃”。但是科学家们很快发现,这种看似简单明了的“树状分析法”(Tree-building Method)并不能很好地描述人类的进化路线,因为早期人类进化路径相当复杂,最古老的分支很可能和新出现的分支相并行,彼此之间不断发生杂交。所以从上世纪90年代开始,人类学家们修改了分析方法,改用“系统发育网络分析法”(Phylogenetic Network Method)来研究人类进化路径,其结果更加准确地反映出早期人类进化的复杂性,因此很快就被视为人类进化研究的黄金标准。
此法后来被应用于其他一些领域的研究,包括人类语言的进化,都取得了不错的成果。由于新冠疫情的严重性,伦福儒博士等人首次将此法运用于追踪病毒的传播路径,这篇论文就是这个研究团队发表的第一个研究成果。
这篇论文的研究对象是世界各国科学家公布的首批160个新冠病毒全基因组序列,样本采集时间从2019年12月24日开始,到2020年3月4日为止。研究人员假定新冠病毒来自中华菊头蝠冠状病毒RaTG13,该病毒样本是中科院武汉病毒所石正丽研究员所率领的团队于2013年在中国云南采集到的,基因序列和新冠病毒的相似度高达96.2%。
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