穆拉维约夫曾亲自率领第一、第二次航行黑龙江，主要是为了运送部队，前往下江地区、鞑靼海峡甚至堪察加半岛，去与英法联军作战。现在签订了《巴黎和约》，交战的可能性不复存在，他就下令撤回在那里的一些部队。1856年3月21日，撤军命令从彼得堡发往伊尔库次克：“鉴于合约已经签订，须将驻守阿穆尔河口和正调往该地的步兵，除出第十五边防营外，全部撤到阿穆尔上游。”穆督办事精细，遥令撤回部队分作三批，指定各批次带队军官，叮嘱他们多带食物，尽早登程。他把第三次航行黑龙江与撤军相衔接，要求船队一到马林斯克哨所，第一批撤离的部队立刻返回。他还希望刚刚在美国购买的“亚美利加”号轻巡航战船发挥机动作用，能将大部分官兵运至俄境，至少送到瑷珲一带。

上溯黑龙江的旅程是凶险的。从马林斯克到乌斯特哨所大约4600里，两岸多数地方荒无人烟，没有住房，也很难找到食物。前面已写过普提雅廷在瑷珲被流冰阻住，吃尽苦头才得以返回俄境，乃至于回到彼得堡后，到处散布黑龙江是一条无用之河。同样的例子，还有一个考察队长马克，也是在去年沿江返回时遇到流冰，得到清朝官兵救助，安排他们在瑷珲住下，尽管有严密监看，还是偷画了一张详细的城区图。

撤回部队也抓得很紧。第一批部队在谢斯拉文中校率领下，6月中旬即从马林斯克起行。穆督所期待的“亚美利加”汽轮尚未抵达，他们从费雅喀人那里买了大小船只，尽量多装粮食，顺风时张帆，逆风时拉纤或划桨，开始阶段行进颇速。待到黑龙江中游，河水大涨，江面加宽，根本无法拉纤，逆水顶风而划，战士累得精疲力竭，也走不了多远。更要命的是会偏离主航道，沿着支流艰辛走出数十里，发现后再折返，沮丧至极。行至上游江段，热病开始在军中蔓延，按天配发的粮食由于时间拉长远不够吃，个别军官和士兵死去，总算在9月底前后进入俄罗斯境内。