1994年，时任浙江省工会主席的郑筱萸被提拔为国家医药管理局局长，有23年药厂工作经验的他又回到了本行。作为药监局的前身，国家医药管理局沿袭了计划经济时代的政府职能，为医药行业制定标准和行业规划，其下部门以企业管理司权力最大，负责审批药厂。不过当时审批药厂的标准是，考量该厂的药品品种和数量，而药的审批权，归卫生部下属的药政司。但当时国家医药管理局和卫生部药政司都没有太大的审批权力。曾在企业管理司做副司长的骆诗文介绍说:“从1982年开始，各省医药管理局自行审批药厂，甚至各有各的行业标准，各省卫生厅的药政科自行审批新药，1984年只有400家药厂，到了1998年已经有6983家药厂。另一个问题是，卫生部门既管医疗又管药品的体制，导致医药不分家。”1989年国务院下发29号文件，要求全国医药市场整顿。然而在各省的实际情况是，药厂数量急剧增加，对于医院市场竞争激烈，医药代表因此成为90年代一支奇特的队伍。

成立药监局，回收权力，成为整肃医药市场的效率法宝。1998年3月，国务院机构改革，国家医药管理局撤销，药监局成立。尽管郑筱萸的级别依然是副部级，但权力却俨然不同于往日。首先，医药局和卫生部药政司合并，而药政司审批注册新药的权力被强化。1984年通过的《药品管理法》在2001年被修订，各省不再有注册新药的权力，只有材料审核权，研制、生产新药必须通过“国务院药品监督管理部门”，也就是国家药监局的批准。拿到代表国家药监局集中权力的“国药准字”，是每一种新药的第一关。以省名开头的“X卫药准”逐渐被要求退市。

由于“未曾在中国境内上市销售的药品”都被列为新药，大多数厂家忙于将原来的“普药”改头换面，改变包装、剂量和用法，并加入一些无用成分，申报注册成新药。“齐二药”事件中的“亮菌甲素注射液”和“欣弗克林霉素注射液”都是此类新药。药的定价虽然是由物价局决定，但是归类为“普药”还是“新特药”由药监局来决定，新特药可以企业自主定价，普药是政府指导价。2004年中国注册的10009种新药全部都是仿制药，却高出原来产品数十倍的价格。