对于签订《尼布楚条约》，清朝君臣外示镇定，内心的确有几分急切，原因在于噶尔丹正在兴兵作乱，渐渐杀向东北，成为康熙帝的心腹大患。

生来就野心勃勃的噶尔丹，出身可谓高贵，禀赋学识亦不同凡响。他是蒙古瓦剌部也先（曾俘获明英宗）之后裔，准噶尔部巴图尔珲台吉第六子，先后随四世班禅与五世达赖学习佛法，同时苦练密宗功夫。康熙九年（1670）秋，准噶尔内乱，掌权的僧格（噶尔丹之兄）被杀。他迅速返回故乡，将哥哥那些逃散的部属召集起来，虽只有千余骑，却勇敢地向对手发起进攻。噶尔丹身先士卒，在枪林弹雨中杀入敌营，毫发无伤，一时有神佛转世之说。以后十余年间，噶尔丹一统卫拉特各部，被五世达赖授于“丹津博硕克图汗”称号，马鞭所指，南疆的叶尔羌汗国，中亚的哈萨克、布鲁特、吉尔吉斯等相继而下，“攻取降服者一千二百余城”。就这样，在古老中华的西域，在少年康熙亲政未久，一个空前强盛的“准噶尔汗国”突然崛起。

噶尔丹对清朝表面上臣服，频频派贡使与商队往来，私底下已有“并吞四极，窥视中原”之心。他的基本路数是结交勾连俄罗斯，由西向东，逐步统治整个蒙古地域，然后再与清廷对决。康熙帝第一次发兵进剿雅克萨时，准噶尔骑兵相距还远；当清军再次围打该堡，噶尔丹率3万大军侵入漠北，击溃喀尔喀部，大量蒙古贵族与百姓被迫南逃，漫山遍野而来，使奉旨与俄人谈判的索额图无功而返。正是噶尔丹这背后一刀，致使在贝加尔湖一带阻击俄军的蒙古土谢图汗仓促撤兵，也给中俄的边界谈判带来无形压力。我们知道，康熙帝本计划拿下雅克萨后接着收复尼布楚，后来改变主意，主要应是这一原因。玄烨已经决心剿灭噶尔丹，与俄罗斯尽快缔结和约，既避免两面作战，又能化解对手的一个强援，无疑是一种智慧的战略抉择。