比起原住民的反抗、清军的追剿，粮食是入侵者面临的更大威胁。不管是在尼布楚、雅克萨、库马拉，哥萨克都曾遭逢缺粮之痛，有的竟至大批活活饿死。正因为如此，他们在建立城堡后，便会招徕国内农民与流民在附近耕种，一些流放人员也会被押解前来，是以罗刹城堡周边多是移民村落。这方面两国有着惊人的相似之处，清廷在瑷珲也是如此运作，大量安插流放人员，区别在于罗刹踏入了别国的土地。

俄人建成尼布楚堡后，即有了种田的尝试，似乎并无成效，“禾谷不生”，过了十余年才摸索出一些诀窍。就在康熙帝筹划收复雅克萨之际，罗刹在尼布楚和雅克萨周边都获得了农业大丰收，督军沃耶伊科夫充满喜悦地向沙皇奏报此事，列举的品种有黑麦、小麦、大麦、燕麦、春麦等。而雅克萨之战中有一个历来被忽视的细节，正与此相关：玄烨曾命黑龙江将军萨布素率兵去雅克萨割敌人种的麦子，并为此大动肝火。

康熙帝筹谋经略大黑龙江边疆区，用兵与建城并重：用兵是为了拔除入侵者的堡垒，关键在于扫平雅克萨；建城则是要确立清朝在此辽阔大地上的统治，中心就在瑷珲。而不管是短期用兵，还是建城永驻，军粮都是一个重要问题。“兵马未动，粮草先行。”他对此多次发布谕旨，计议极为周详：命户部尚书带人勘查往黑龙江城运粮路线，尤重视水陆之间如何转运；命于辽东和索伦两处征集粮食，并于多处修造运粮船只和车辆；命在额苏里大营和中转处设立仓库粮台，向粮船水手和陆运猎户发放补贴……他还做出长远安排，即在黑龙江城周边大兴屯田，逐步推向更多地区，发放种子，提供耕牛农具，动员达斡尔等部落回迁，以尽快实现当地的粮食自给。