与宁古塔乌喇水师的因罗刹袭扰增设一直不太正规相比，黑龙江城自设兵驻守伊始，兵部就奉皇上旨意，在八旗二十四佐领之外，特别配置了水师营。瑷珲八旗以乌喇宁古塔兵为骨干，加上在当地征召的索伦兵，水师营由两部分组成：一是萨布素在调防时由乌喇带来的，主要是水手，来源很杂，拼凑的痕迹很强，但对山川地形较为熟悉；二是厦门水师将领陈汶环所率正规水军，奉调驾驶大型战舰开赴黑龙江，参加收复雅克萨之战，然后就留在了黑土地上。

乌喇水军由来已久，也被称作水师或水营，却与真正的水师有很大区别。这块古老大地自辽金始争战不息，大多为马上杀伐，很少有水战。江河虽多，船只大都是独木舟之类，官船用于交通运输，亦不甚大，像明永乐间首领太监所率大型舰队久已不见。康熙五年（1666）早春，因罗刹滋扰日益严重，兵部发文宁古塔，要求60岁以下流放人员一律服役当差，并从中选200名水性好的充当水手，到数百里外的乌喇演练备战。东北流人成分复杂，有满汉犯事官员，有各类刑事罪犯，也有身陷“江南科场案”“浙江通海案”等大案的文人，那次征召就有一批读书人入营。如反清名将祁彪佳的幼子、号称六公子的祁班孙就做了水手，后来逃归内地，落发为僧。差不多20年过去了，第一拨水手大多老去，乌喇水军在结构上应无大的改变，主要是一帮扯帆摇橹的水手，负责为八旗将士开船。骑兵的马也载于船舱，随时准备靠岸追敌。