11月14日，财政部、国家税务总局和证监会联合发布了有关沪港通的税收政策，在沪港通正式开通之前厘清了投资者最为关注的几大问题。

对内地个人通过沪港通投资港股的转让差价所得，三年内暂免征收个人所得税。对香港市场投资者通过沪港通投资上交所上市A股的转让差价所得，暂免征收企业所得税和个人所得税和暂免征收营业税。而对于股息红利则没有暂免的优惠政策，内地个人投资者如果投资港股取得的股息红利，需要缴纳20%的个税，这远远超过目前内地投资者在A股市场所需要缴纳的红利税，目前A股市场对于股息红利实行差别化征收，鼓励长期投资，持股超过1年的税负为5%，持股1个月至1年的税负为10%，持股1个月以内的税负为20%。反过来，香港投资者如果投资A股市场，所获股息红利按照10%的税率征收所得税。

虽然沪港通表面上看似两个市场对等开放，但是从开放股票的数量来看，沪市对香港投资者的开放显然高于香港对内地投资者的开放程度。沪股通包含的股票为上证180指数的成份股、上证380指数的成份股，以及A+H股上市公司的上市A股，其中被纳入风险警示板的除外，如果从数量上来看，沪股通的总数量大概为568只，目前沪市上市公司为985家，占沪市上市公司比重约为58%，这意味着上海市场有近六成的上市公司对香港投资者开放。如果以市值来看，这一比重显然更高，由于沪股通的标的多为大盘蓝筹，市值占沪市总市值的比重高达九成。而港股通包含的股票为恒生综合大型股指数的成份股、恒生综合中型股指数的成份股以及A+H股上市公司的H股，从市值来看，港股通的标的约占联交所上市股票市值的80%。不过如果从股票数量占比来看，这一比例就显得较低，目前港股通的股票总数量共268只，香港交易所的上市公司数量为1729只（截至10月份），占比不到16%，这也意味着，其实还有绝大多数的港股还没有对内地投资者开放。