与两年前开通的沪港通相比，深港通最主要的区别在于投资标的的变化。沪港通主要对接的是上海和香港两地的大盘蓝筹股，深港通除了对接深圳和香港两地的大盘蓝筹股之外，一些中小市值的股票也纳入其中。

对于内地投资者而言，最关心的是深港通相比沪港通多出了哪些可以投资的港股。从公布的深港通细则来看，可以投资的港股主要包括四类：（1）恒生综合大型股指数的成份股；（2）恒生综合中型股指数的成份股；（3）定期调整考察截止日前12个月港股平均月末市值不低于港币50亿元的恒生综合小型股指数的成份股；（4）A+H股上市公司在联交所上市的H股。如果对比沪港通不难发现，其中1、2、4其实在沪港通下已经开通，此次真正新增的投资品种是“市值不低于港币50亿元的恒生综合小型股指数的成份股”。

而对于香港投资者而言，因为以前沪港通下开通的是上海市场的股票，而此次深港通开通的是深圳市场股票，因此对香港投资者意味着新增的都是全新的品种，主要包括：（1）定期调整考察截止日前6个月A股日均市值不低于人民币60亿元的深证成份指数和深证中小创新指数的成份股；（2）A+H股上市公司在深交所上市的A股。